1、增加土壤有機質(zhì)含量

化肥主要提供大量的氮、磷、鉀等無機養(yǎng)分，而有機肥富含大量的有機物質(zhì)。例如，畜禽糞便有機肥含有豐富的腐殖質(zhì)、纖維素等有機成分。當有機肥替代部分化肥時，這些有機物質(zhì)會被帶入土壤。腐殖質(zhì)是土壤有機質(zhì)的重要組成部分，它能夠改善土壤結(jié)構(gòu)，使土壤更加疏松多孔，有利于空氣和水分在土壤中的流通。

有機肥中的有機成分還可以為土壤微生物提供碳源等營養(yǎng)物質(zhì)，促進微生物的生長和繁殖，進一步增加土壤中的生物量，而微生物殘體也是土壤有機質(zhì)的來源之一。

2、改善土壤微生物環(huán)境

化肥的長期過量使用可能會對土壤微生物產(chǎn)生負面影響，如改變土壤微生物群落結(jié)構(gòu)。而有機肥的施用能夠為土壤微生物提供更適宜的生存環(huán)境。有機肥中含有各種有機物質(zhì)，這些物質(zhì)可以作為微生物的食物來源。例如，許多微生物能夠分解有機肥中的糖類、蛋白質(zhì)和脂肪等成分。

當有機肥替代部分化肥時，土壤中的有益微生物數(shù)量和種類會增加。例如，固氮菌、解磷菌和解鉀菌等有益微生物在富含有機質(zhì)的土壤環(huán)境中更加活躍。

3、提高土壤結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性

土壤結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性對于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)至關(guān)重要。長期使用化肥可能會導(dǎo)致土壤板結(jié)，而有機肥可以改善這種情況。有機肥中的有機膠體物質(zhì)，如腐殖酸等，能夠與土壤中的礦物質(zhì)顆粒相互作用。

當有機肥替代部分化肥時，土壤結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性得到增強，減少了因土壤侵蝕、壓實等因素導(dǎo)致的土壤有機質(zhì)流失，從而有利于土壤有機質(zhì)的穩(wěn)定。